被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用核弹将哥斯拉消灭，然而最后只能使哥斯拉沉睡在太平洋深处。以后各国便联合展开所谓“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年，日本一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难。

　　15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为美国海军中尉，专长为拆弹爆破。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著在辐射外泄真相的追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，妻子艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。

　　谷鑱/span将父亲保释出后，福特在乔的说服下，两人前往废核电厂管制区寻找证据遗物，却赫然发现早已没有辐射污染。

　　乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地是“帝王计划”的研究场所，研究一个穆托的蛹，并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出的资料，发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同，是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的。

　　蛹内的穆托，一直以来有与外界周期性沟通的迹象，但不知作用为何。然而此时穆托发出的频率越来越频繁，芹泽只好启动电网，意图杀死穆托，然而失败。穆托发动电磁脉冲瘫痪了研究所内的电子设备，乔和福特也趁此机会顺利逃离。但在此时穆托破茧而出，毁坏了大半的研究所，混乱当中乔从高处摔下，送院途中不治身亡。而穆托朝着太平洋另一端振翅而去。

　　发现怪兽出没的美国军方，已在太平洋周边进行防御部署。芹泽告知军方：以穆托的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间，也侦测到哥斯拉苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助哥斯拉的威力来消灭穆托。然而美军指挥官担心会伤及无辜，表示不予认同。

　　在父亲身亡后，才知道了他说的属实的福特，也担心怪兽会对家人造成伤害，向军方贡献力量，借此顺道返回美国。而后美军以监督护卫的方式，跟随哥斯拉经过了遭穆托肆虐的夏威夷而到达美国本土内华达州；原来也有一只雌性穆托潜伏在美国内陆，以赌城附近的核废料场为生，与在日本的雄性穆托经过沟通联络上后，欲在旧金山会合而达到繁殖的目的。哥斯拉则侦测到穆托们的沟通而展开追击，以维持自然界的平衡。

　　然而美军却打算以核弹引诱穆托，再以穆托引诱哥斯拉，打算借由核弹的爆炸威力同时杀死这三只巨兽。因为穆托的电磁脉冲能瘫痪电子军武，核弹的引爆装置被改成传统倒数器来替代。在用火车运送引诱用的核弹头时却被雌穆托劫车，而最后剩下的那颗核弹在海上的运送过程中被雄穆托抢走，赠予雌穆托，当作穆托幼体们的食物来源。

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